Chor istilochilarining galdagi niyati Qo’qon xonligini tugatish edi. Ular Turkiston, Chimkent, Toshkent va boshqa joylarni bosib olib, Qo’qon xonligiga qattiq zarba bergan edi. Qo’qon xoni Xudoyorxon qo’rqoq va tadbirsiz bo’lganligi uchun vatan himoyasi yo’lida biron arzigulik ish qilmadi. Aksincha, Chor hukumati nigohida o’z taxtida o’tirishni o’ylardi, xolos. U 1868 yili chorizm bilan sulh tuzib, amalda Rossiyaga qaram bo’lib qoladi.
Bunga ko’ra xonlik yerlarida rus savdo sanoat vakillariga katta imtiyozlar berildi. Xudoyorxonning itoatkorligini taqdirlagan Chor hukumati uni Rossiya davlati ordeni bilan mukofotladi va unga “Aslzoda” degan faxriy unvon berildi. Xudoyorxonning mazkur siyosati aholining g’azabini toshirib yubordi. Buning ustiga xonning zulmi tobora kuchayib bordi. Natijada 1873 yilda Po’latxon boshchiligida Rossiya tajovuzi va unga sotilgan Xudoyorxonga qarshi xalq qo’zg’oloni ko’tarildi. Xalq nafratiga uchragan Xudoyorxon o’zining boy xazinasini 40 ta aravaga yuklab Xo’jandga qochib ketadi. Bu yerdan Toshkentga yuboriladi. General Kaufman uning boyliklarini hukumat foydasiga musodara qilib, o’zini Orenburgga surgun qiladi. Rus arxiv manbaalariga ko’ra, u bu yerdan qochib Afg’oniston orqali Hindistonga va so’ngra Saudiya Arabistoniga borib xaj qilgan. Shundan keyin yana Afg’onistonga qaytib ko’p o’tmay vafot etgan.
Qo’zg’olonchilarga xonlikdagi hukmron doiralarning vakillari Abduraxmon Oftobachi, Mulla Iso Avliyo, Sulton Murodbek va boshqalar ham qo’shilib Chor hukumatiga qarshi kurash olib bordilar. Bu harakat shu darajada keng yoydiki, butun Farg’ona vodiysini qamrab oldi. Qulay fursatni kutayotgan Chor hukumati 1875 yil 6 avgustida Farg’ona vodiysiga bostirib kiradi. Qo’zg’olonchilar bosqinchiliklarga qarshi qattiq jang qiladilar. Shafqatsiz dushman qo’shinlari bilan bir necha aholi turar joylarini yer bilan yakson etadi va minglab odamlarni qirib tashlaydi. Birgina Andijondagi jangda qo’zg’olonchilardan 20 ming kishi yovuzlarcha yer bilan yakson etildi. Bu fojea general Skobelevning buyrug’i va bevosita ishtirokida ro’y beradi.
Xalq qo’zg’oloni shafqatsizlik bilan bostirilib, 1876 yil 16 fevralda Qo’qon xonligi tugatiladi.
Shunday qilib Chor hukumti 1853-1876 yillarda, o’zbek xonliklariga qarashli shahar va qishloqlarni birin-ketin bosib olib, O’rta Osiyoni hukmdori bo’lib qoladi. Minglab oddiy xalq vakillari bolta, tayoq bilan qurollanib, o’zidan har jihatdan bir necha barobar kuchli va yaxshi qurollangan chor qo’shinlariga qarshi mardonavor kurashadi. Ular askarlarning to’plar va miltiqlardan otilgan o’t-yomg’irlariga ko’kraklarini tutadilar. Xonlar esa mamlakat mudofaasini mustahkamlash va miltiqlardan otilgan o’t-yomg’irlariga ko’kraklarini tutadilar. Xonlar esa mamlakat mudofaasini mustahkamlash va harbiy texnikani takomillashtish o’rniga o’zaro kurashlarni davom ettiraverardilar. Ayniqsa Buxoro xonligining Qo’qonga nisbatan olib borgan dushmanlik siyosati Chor hukumati uchun katta foyda keltiradi. Urush harakatlari shuni ko’rsatadiki, uchala xonlikning hukmdorlari harbiy jihatdan mutlaqo savodsiz kimsa bo’lib chiqdi. Bundan Qo’qon lashkarboshisi Alimxon mustasnodir. U Chor hukumatiga qarshi kurashda qo’shinga va xalq qasoskorlariga jasorat bilan boshchilik qildi. U jo’shqin vatanparvar va qahramon shaxs sifatida jang maydonida halok bo’ladi.
O’zbek xonliklarining yerlarining bosib olinishi Chor Rossiyasining yuqori tabaqasi tomonidan zo’r xursandchilik bilan qarshi olindi. Rossiya moliya vaziri Vishnegorodskiy bu joylarni “rus tojidagi eng qimmatbaho dur” deb baholadi.
Turkiston general-gubernatorligining chegarasi vaqt o’tishi bilan kengayib bordi. Pirovardida Sirdaryo, Farg’ona, Samarqand, Yettisuv va Kaspiy orti yerlarini o’z qaramog’iga kiritdi.
Buxoro amirligida 28 beklik: Chorjo’y, Karmana, Ziyovuddin, Nurota, Kitob, Shahrisabz, Chiroqchi, Yakkabog’, G’uzor, Boysun, Qorategin, Denov, Hisor, Darvoz, Boljuvan, Shugnon, Rushon, Qulob, Qo’rg’ontepa, Sherobod, Xalif, Kirki, Burdaliq, Qarshi va Norizm singari joylarni o’z ichiga olgan edi.
Xiva xonligi esa Pitnak, Xazarasp, Xonqa, Urganch, Qo’shko’prik, G’azovot, Qiyot, Shohobod (Shovot), Toshhovuz, Ombor, Manoq, Gurlan, Mang’it, Qilich Niyozboy, Qipchoq, Porsu, Ilyoli, Ko’hna Urganch, Xo’jayli, Shumanay va Qo’ng’irot degan joylarini qamrb olgan.
Ko’rinib turibdiki, ikki xonliklarning yerlari ilgari vaqtlargacha juda qisqargan. Bundan, ayniqsa Buxoro amirligi katta talofat ko’rdi. Qo’qon xonligi esa butunlay tag-tomiri bilan qo’porib tashlandi. Shuni ta’kidlash lozimki, Turkiston xalqlarining o’ta vatanparvarligi va erksevarligi orqasida Rus davlati uni tezkorlik bilan bosib ololmadi. Natijada, urush o’rta hisobda 25 yil davom etdi. Xalq ommasida miltiqparvarlik tuyg’ulari shu darajada kuchli ediki, agar harbiy mahurat va texnika talabga javob berarli darajada bo’lganda Rus davlatini yovuz niyatini yuzaga chiqmasligi turgan gap edi. Nachora, o’lka hukmdorlarining nodonligi va ojizligi hamda bir guruh kishilarning xoinligi Turkiston o’lkasini Rossiya panjasiga tushishiga sabab bo’ldi Chor hukumati tub aholi vakillarini Oliy va o’rt amansablardan mahrum qilib o’lkani boshqarish rus generallarini va ofitserlarini qo’liga o’tdi. Shu ravishda milliy davlat tugatilib rus tili davlat tili hisoblanadi. Milliy tilni va milliy madaniyatni rivojlanishiga yo’l berilmay “ulug’ millatchilik” siyosati amalga oshirildi. Butun o’lkada mustamlakachilik va milliy zulm hukm surdi. Turkiston Rossiyaning xom-ashyo manbaiga va tayyor mahsulotlar bozoriga aylantirilib xalqning boshiga son-sanoqsiz azob-uqubatlar tushdi. Shuning uchun ham xalq ommasining milliy-ozodlik kurashlari davom etdi. Masalan, 1892, 1898 va 1916 yillardagi xalq harakatlari shular jumlasidandir.