XV asr oxirlarida temuriy shahzodalar va mulkdor zodagonlar o’rtasidagi nizo-fitnalar, taxt uchun kurashning avj olishi natijasida temuriylar saltanati deyarli mustaqil bo’lib olgan bir necha viloyatlarga bo’linib ketadi. Temuriylarning o’zaro urushlari kuchaygan paytdan foydalangan Shayboniyxon O’tror, Sabron, Yassi (Turkiston) va boshqa shaharlarni egallagach, 1499 yili Sirdaryodan o’tib, Jizzax, Qarshi va Shahrisabzgacha bostirib kelib, katta o’lja bilan Dashti Qipchoqqa qaytib ketadi. Temuriylar saltanatini saqlab qolish maqsadidagi Zahiriddin Muhammad ibn Umarshayx Mirzo – Boburning sa’y-harakatlari ham zoye ketdi. 1501 yil aprel oyida Zarafshon bo’yidagi Saripul qishlog’i yaqinida bo’lgan jangda Bobur qo’shinlari yengiladi. Bobur Mirzo Samarqandni tark etib, Toshkentga tog’asi Mahmudxon huzuriga yo’l oladi. Bobur Mirzo yo’lda otdan yiqilib, boshidan jarohatlanadi va ming azob-uqubatlar bilan Ilono’tti darasidan o’tib, Jizzaxga keladi. Bobur Mirzo bu voqealarni shunday tasvirlaydi: “Kech namozgar Ilono’ttida tushub, ot o’lturub, etini shishlab, kabob qilib, otni lahza tindurub, otlanduk. Tongdin burunroq Xaliliya kentiga kelib tushduk. Xaliliyadan Zak (Dizak) kelindi, ul fursatda Zakta Hofiz Muhammadbek do’ldoyning o’g’li Tohir do’ldoy edi. Semiz etlar va mayda etmaklar, arzon, chuchuk qovunlar va yaxshi uzumlar farovon. Andoq usrattin mundoq arzonliq va andoq baliyattin mundoq amonliqqa keldik. Umrimizda muncha farog’at qilmaydur eduk. Uch-to’rt kun Dizakta istirohat qilduk. Andiya so’ng O’ratepa sari zimat qilduk”. (Zahirddin Muhammad Bobur. Boburnoma, I qism. T., “O’zdavrnashr”, 1948, 115-bet)
1503 yilda Shayboniyxon katta qo’shin bilan Toshkentga yurish boshlaydi. Toshkent xoni Mahmudxon, Bobur va qalmoqlarning birlashgan qo’shini Shayboniyxon tomonidan Sirdaryo bo’yida tor-mor qilinadi. Bobur Mirzo 200-300 navkari bilan Hisor tog’lari orqali Afg’onistonga ketadi.
Shu tariqa, Jizzax Muhammad Shayboniy tomonidan egallanadi va Shayboniylar davlati tasarrufida bo’ladi. 1510 yilda Eron shohi Ismoil Safaviy qo’shinlari bilan bo’lgan jangda Muhammad Shayboniyxon halok bo’lgach, butun Xuroson Ismoil Safaviy tomonidan egallanadi. Movarounnahr Shayboniylar tasarrufida qoladi. Shayboniylarning Movarounnahrda tashkil etgan davlati Ubaydullaxon davrida, 1533 yilda rasmiy ravishda Buxoro xonligi deb ataldi va Jizzax butun XVI asr davomida Buxoro xonligi tasarufida bo’ladi.
Buxoro xonligini mustahkamlashda Iskandarxonning o’g’li Abdullaxonning xizmati katta bo’ldi. Toshkent hokimi Navro’z Ahmadxon (Baroqxon) 1551 yilda Samarqandni egallab, 5 yil davomida hokimiyatni boshqaradi. 1556 yilda Baroqxon vafot etgach, Abdullaxon tog’asi Pirmuhammadni xon etib ko’taradi va 1557 yilda o’zi Buxoroni egallaydi. Abdullaxon II 1556-1582 yillarda Baroqxonning avlodlari Bobo sulton va Darveshxonlarga qarshi, Hisor va Samarqand sultonlariga qarshi uzoq yillar urush qilib g’alaba qozonadi. Qonli janglardan biri 1557 yilda Ilono’tti darasida bo’ldi. Abdullaxon II Ilono’tti darasidagi jangda katta harbiy mahurat ko’rsatdi va jangda g’alaba qozonadi.
Bobo sulton yana fitna uyushtirib, 1578 yilda Samarqand sari qo’shin tortadi. Bu xabar Abdullaxon II ga yetib kelgach, o’z birodarlari, arkoni davlatlari hamda a’yonlari bilan dushmanlarga qarshi borish haqida maslahatlashadi. Abdullaxon II qo’shinlari 1578 yil 10 iyun, shanba kuni Konigildan chiqib, Jizzax tomon yuradilar. Ikki tomonning ilg’or kuchlari Jizzaxdan 24 km janubi-sharqda joylashgan Raboti Malik (Rabot qishlog’i)da to’qnashadilar va Bobo sultonning ilg’or qismi yengilib, bir qismi asirga olinadi, bir qismi orqaga qochadilar. Abdullaxon II asirga olinganlardan dushmanlarning soni va kayfiyatini bilib oladi va Dizak (Jizzax) mavzeiga kelib, baland chodir tikib, 10 kun katta janggi tayyorgarlik ko’radi, Jizzaxda ikki kun to’y beradi. Shundan keyin 1578 yil 25 iyul juma kuni Abdullaxon II Zomin tomondagi dushmanga qarshi yurish boshlaydi va 30 iyulda Qizil rabotning g’arbiy tarafidagi Achchi qishlog’iga yetib boradi.
Zomin tumanidagi Achchi qo’rg’oni yonida Bobo sulton, Muhammad Sharof Sulton, Muhammad Qosim Sultonning birlashgan qo’shiniga qarshi Abdullaxon II yana janggi kiradi va g’alaba qozonadi. Bu urushlarda Jizzax ham katta talafot ko’radi. Aholi hozirgi eski bozordagi O’ratepaga ko’chishga majbur bo’lgan.
Abdullaxon II davrida Buxoro xonligi chegarasi Qashqardan Orol va Kaspiy dengizlari sarhadlarigacha, Turkiston va Sayramdan Xurosonning sharqiy qismigacha bo’lgan yerlarni qamrab olgan edi. Abdullaxon II pul islohoti o’tkazib, oltin va kumush pul zarb etishni yo’lga qo’yadi. Bu pullar xonlikning butun hududida, jumladan, Jizzaxda ham muomalaga kiritiladi. Natijada Jizzaxda savdo-sotiq, hunarmandchilik ishlari rivojlandi, tegirmonlar juvozxonalar, savdo-sotiq rastalari, rabotlar, xonaqohlar, masjidlar qurildi.
Abdullaxon II davrida Zarafshon daryosidan Jizzaxgacha Tuyatortar nomli kanalning qayta tiklanishi, qurilishi natijasida Jizzax vohasida dehqonchilik ishlari yanada rivoj topdi. G’allachilik, bog’dorchilik ishlari rivojlandi. Bug’doy, arpa, jo’xori, mosh, poliz va sabzavot ekin maydonlari kengaydi. Chorvachilik ham qishloq xo’jaligining yetakchi tarmog’i sifatida rivojlanadi. Go’sht, sut, jun, teri va boshqa chorvachilik mahsulotlari yetishtirish o’sdi. Ho’kizlardan yer haydashda, omoch va mola tortishda keng foydalanilgan.
XVII asr boshida 1601 yilda Buxoro xonligida hokimiyat Ashtarxoniylar qo’liga o’tadi. Biroq Ashtarxoniylar davrida Buxoro xonligida ichki ziddiyatlar kuchayib bordi, xonzodalar o’rtasida hokimiyat talashib o’zaro urushlar davom etdi. Buning ustiga Xiva xonligi bilan Buxoro xonligi o’rtasida ham tez-tez urushlar bo’lib turdi. Davlat boshqaruvidagi boshboshdoqlik, tinimsiz urushlar mamlakatning, shu jumladan, Jizzaxning ijtimoiy-iqtisodiy hayotiga jiddiy zarar yetkazdi, albatta.
Hotam Bozorovning “Jizzax ovozi” gazetasining 2000 yil 15 aprel sonida chop qilingan “Jizzax muzofotining qadimgi hokimlari haqida”gi maqolasida bayon qilinishicha, XVII asrning birinchi yarmi ashtarxoniylar sulolasi uchun O’ratepa, Zomin, Jizzax hududlari strategik ahamiyatga ega bo’lgan joylardan biri hisoblangan. Maqolada yozilishicha, agar shunday bo’lmaganida, Buxoro xoni Nodir Muhammadxonning o’g’li Abdulazizxon (1645-1681) o’zini Buxoro xoni deb e’lon qilinishi va toj kiydirilish marosimini O’ratepaning saroy dahasida o’tkazmagan bo’lardi.
Bu tarixiy voqeadan keyin Abdulazizxon 1645 yilda Turk (o’zbek) qabilalarining yuz urug’idan bo’lgan Boqibiyni O’ratepa, Zomin, Jizzax, Xo’jand hududlariga hokim etib tayinlaydi. Biroq ikki-uch yil mobaynida Jizzax, Zomin, O’ratepa, Xo’jand hokimlari bir necha marta almashtiriladi. Qoravulbegining o’g’li hoji Yovqoshtibiy 1659-1660 yillarning yetti-sakkiz oyi mobaynida hukmronlik qiladi. Undan keyin birin-ketin Cho’libiyning o’g’li Shodibiy, Mirmuhammadning o’g’li Muhammad Yasovul hokimlik qilgan. Toj-taxt uchun bo’lgan o’zaro kurashlar aholining turmush darajasini pasayishiga olib keladi. O’sha davrga oid biror tarixiy obida qurilmagani, bu davr adabiyoti va san’atining past saviyada ekanligining boisi ham shunda edi. Bu davrda aholi o’rtasida turli xil soliqlarning oshirilishi aholi noroziligining kuchayishiga sabab bo’lgan edi.
1681 yili Abdulazizxon Buxoro taxtidan voz kechgach, hokimiyat boshiga uning ukasi Subhonqulixon (1681-1702) keladi. O’sha yili O’ratepa, Zomin, Jizzax hududlariga Muhammad Rahimbiy otaliq hokimlik qiladi. U Buxoro mulkining tarixida ham katta maqomga ega edi. Subhonqulixon ayrim muhim ishlarni Muhammad Rahimbiy otaliq bilan maslahatlashib qilardi. U o’z tasarrufida bo’lgan hududlarni bosqinchilardan muhofaza qilish bilan birga Zomin, Jizzax, Yom, Sangzor va boshqa joylarda dehqonchilik, mayda hunarmandchilik hamda savdo ishlarini yaxshilash borasida ko’p ishlarni amalga oshiradi.
XVIII asr boshlarida Buxoro xonligi ichki kurashlar, markaziy hokimiyatning zaiflashuvi natijasida ikkiga bo’linib ketdi. 1709 yilda Qo’qon atrofida yashab turgan o’zbek qabilalalaridan biri – minglar hokimiyatni o’z qo’llariga oladilar va o’z yetakchisi Shohruhbiyni hokimiyat tepasiga ko’taradilar. Shu tariqa, 1710 yilda Qo’qon xonligi ashkil topadi. Uzoq yillar davomida Zomin, Jizzax, O’ratepa va Xo’jand uchun Buxoro va Qo’qon hukmdorlari o’rtasida qirg’inbarot urushlar bo’lib turdi. Mazkur hududlar ikki xonlik o’rtasida urush maydoniga aylanib, qo’ldan qo’lga o’tib turi.
Shohruhbiyning o’g’li Qo’qon xoni Abdurahimbiy (1721-1733) davrida Xo’jand, O’ratepa, Zomin, Jizzax Qo’qon xonligi tasarrufiga olinadi. Qo’qon xonlari Xo’jand viloyatiga hamda O’ratepa, Zomin va Jizzaxga hokimlar tayinlaydi. Norbo’tabiy (1798-1810) davrida Irisqulbiy O’ratepaga hokim etib tayinlanadi. Keyinroq Jizzaxga Fozilbiy keladi va Buxoro xonlari hujumidan saqlanish uchun bir qator tadbirlarni amalga oshiradi. U Jizzaxda turib, jizzaxlik, zominlik kuchli, jasur va mergan yigitlarni to’plab, askarlar sonini ko’paytiradi. Jizzax va Zomin qal’alarining atrofidagi devorlarni ta’mirlash, buzilgan joylarni qayta tiklash ishlarini uyushtiradi. Fozilbiy bir guruh otliqlarni O’ratepaga yuborib, keyin o’ng yo’l bilan Jizzaxga ketishlarini buyuradi. Otliqlar bu topshiriqlarni qanday buyurilgan bo’lsa, shunday qilib bajaradilar. Bu xabar Irisqulbiyga yetib boradi. U dushmanni quvvatsiz deb, pisand qilmay quva boshlaydi. Yo’lda ularni kutib turgan Fozilbiyning o’g’li Xudoyorbiy askarlari bilan qattiq urush boshlanadi. Urushda Irisqulbiy halok bo’ladi, tirik qolgan askarlari qo’lga tushadi. Shunday qilib, Fozilbiyning o’g’li Xudoyorbiy O’ratepa hududlariga hokim bo’ladi.
Eron shohi Nodirshoh ko’p joylarni bosib olgan bo’lsa ham, Fozilbiyni o’ziga bo’ysundira olmadi. Fozilbiy eronliklar va buxoroliklardan ham O’ratepa, Zomin, Jizzax hududlarining mustaqilligini, dahlsizligini saqlab qoldi. Shu bilan birga u qo’shinlarining kuch-qudratini, o’zining ta’sirini, obro’-e’tiborini, xususan, yuzlar ichida yuoqori pog’onalarga ko’tardi.
Fozilbiy bir necha marta Buxoroga qarshi urushlarda qatnashdi. Masalan, 1747 yili Fozilbiy Nurota, Keshtut, Urgut, Hisor, Shahrisabz hokimlari bilan birgalikda Buxoro xonligining susayib qolganligidan foydalanib, uning hududiga bostirib kiradilar. 1749 yil 17 iyulda ular Qarshini egallaydilar. Keyin Xatirchi, Karman ava Kattaqo’rg’onni ham bosib oladilar. Buxoro bilan sulhga imzo chekib, Samarqandga kelib, kichik o’g’li Bobobiyni Samarqand hokimi etib tayinlaydi va o’zi yana O’ratepaga qaytib keladi.
Fozilbiy va uning o’g’illari Xudoyorbiy, Bobobiy davrlarida O’ratepa, Zomin, Jizzax hududi ancha kengaadi. Sharqiy tomondan Xojaboqirg’onsoy, Nov, Xo’jand, Konibodomning Mahramigacha, shimoli-sharq tomonidan Sirdaryo, Bekobod, Xovosni o’z ichiga olib, shimoldan Toshkent bilan, g’arbdan Samarqand bilan chegaradosh bo’lib, Jizzax, Yom, Pishog’or, Zomin kabi shaharlarni o’z ichiga olardi.
Agar ikki-uch urushni hisobga olmaganda Fozilbiy, Xudoyorbiy, Bobobiy hukmronlik qilgan davrlarda O’ratepa, Jizzax, Zomin, Yom, Pishog’or kabi qo’rg’onlar, qal’alar va ularning atroflaridagi qishloqlarning aholisi tinch, o’zaro ichki urushlarda bo’ladigan talon-tarojlarga uchramasdan hayot kechiradilar. Xudoyorbiy vafotidan keyin uning o’g’li Bekmurodbiy O’ratepa mulkiga hokimlik qiladi.
Xudoyorbiy vafot etganidan keyin O’ratepa va uning tasarrufidagi hududlarni, jumladan, Jizzaxni ham Buxoro xoni Shohmurod boshib oladi va O’ratepaga Xudoyorbiyning ukasi, Jizzaxning sobiq hokimi Bobobiyni, Xo’jandga Bekmurodbiyni hokim etib tayinlaydi.
Buxoro xoni Shohmurod vafot etganidan keyin Bobobiy (ba’zan uni Bobo Parvonachi deb ham tilga oladilar) Jizzax shahrini Buxoro xonidan tortib olish rejasini tuzadi. Rejaga asosan u Jizzaxni qamal qiladi. Bu vaqtda Jizzaxda Muhammad Aminxo’janing o’g’li Muhammad Yusufxo’ja hokimlik qilardi, qamal vaqtida esa u Kattaqo’rg’onda edi. Bu xabarni eshitgach, hokim tezda Jizzaxga yetib keladi. Urushda Bobobiy yengiladi. Ko’p o’tmay Bekmurodbiy o’zining amakisi Bobobiyni o’ldirib, uning o’rniga O’ratepaga hokim bo’ladi.
Buxoro amiri Haydar O’ratepani bosib olish uchun Zominga kelib, u yerda bir oz turadi. 22 yoshli O’ratepa hokimi Bekmurodbiy va uning a’yonlari amir Haydarni kutib olish uchun ko’p sovg’alar olib Zominga keladilar. Ammo amir Haydar Bekmurodbiyni ushlab, Bobobiyning o’g’illari qo’liga o’ldirishga topshiradi. Amir Haydar O’ratepaga Ernazarbiyni, Zominga Aflotun G’ulomni, Jizzaxga Husaynbiyni hokim etib tayinlab, Buxoroga qaytib ketadi.
Ko’p o’tmay Pishog’or hokimi Ma’rahim yoki Muhammad Rahim Otaliq (ayrim qo’lyozmalarda Atoliqbek deb tilga olinadi) O’ratepaga hokim etib tayinlanadi. Uning tasarrufiga Jizzax, Zomin, Yom hududlari bo’ysunadi.
1826 yildan Buxoroda amir Nasrulloning hokimligi boshlanib, Pishog’or hokimi Atoliqbekni Buxoroga chaqirtiradi. Buxoro amiri Nasrullo o’z hokimiyatini mustahkamlash maqsadida Jizzaxni Atoliqbekdan tortib oladi. Bunga, birinchidan, Atoliqbek rozi bo’lmagan bo’lsa, ikkinchidan, Jizzax shahri aholisi o’z noroziligini bildiradi. Bu vaziyatdan foydalangan Qo’qon xoni Muhammad Alixon (1822-1842) O’ratepa va uning hududlarini bosib oladi. Atoliqbek Shahrisabzga qochib ketadi. Ko’p o’tmay O’ratepa hokimligi Isobekka o’tadi. Zomin, Yom ham unga bo’ysunardi. 1849 yilning oxirlarida O’ratepaga Abdug’afforbek hokim etib tayinlanadi. XVII-XIX asrlar jahon tarixida moddiy va madaniy yuksalish davri bo’lgan bir davrda O’rta Osiyo xonliklari bu ijobiy jarayonlardan chetda qolib qoloqlikka, turg’unlikka yuz tutdi. Asrlar mobaynida bir butun bo’lib kelgan mamlakatning, bir iqtisodiy va madaniy makonda yashab kelgan aholining uchga bo’linib ketishi, xonliklar o’rtasidagi urushlar, har bir xonlik ichidagi o’zaro hokimiyat uchun tinimsiz davom etgan ichki kurash viloyat va tumanlarni, qolaversa butun mamlakatni xonavayron qilardi. O’zaro urushlar oqibatida u yoki bu qabilalarning yashab turgan joyidan ko’chirilishi etnik nizolarni keltirib chiqarardi, ularning bir butun xalq bo’lib, jipslashib yashashiga rahna solardi. Davlat darajasida ham, viloyatlar darajasida ham yagona xalq, yagona Vatan tushunchasining qadri anglab yetilmadi. Aholi xon va amaldorlarning xo’raonligidan, o’zboshimchaligidan azob chekardi, turmush darajasi nochor edi. Xonliklardagi ijtimoiy-siyosiy beqarorlik qo’shni mamlakatlarni o’z tasarrufiga kiritib olish siyosatini yuritayotgan Rossiya imperiyasiga qo’l keldi. Xonliklardagi parokandalik ularning Rossiya imperiyasi tomonidan bosib olinishi va mustamlakaga aylanishiga olib keldi.